وتعد الطماطم واحدة من تلك الثمار ذات الحموضة العالية، فهي تحتوي على حامض الماليك وحامض الستريك، ويمكن أن يتسبب استهلاك كميات كبيرة من الطماطم بحموضة المعدة وحروق في القلب.
وينصح الأطباء أولئك الذين يعانون من مشكلات في الهضم ألا يتناولوا الكثير من الطماطم، كما أن الكثير منها يمكن أن يؤدي إلى تراكم الحصى في الكلى، مرجعين ذلك إلى أن ثمرة الطماطم غنية بالكالسيوم والأكسالات، والتي يصعب إزالتها من الجسم إذ ما تم تخزينها فيه، زمع الوقت تتحول إلى حصوات داخل الكلى.
وبما أن الطماطم تحتوي على مادة الليكوبين، فإن الإكثار من تناولها يمكن أن يؤدي إلى الإصابة بتليف نسيجي وتغير في لون الجلد، ورغم أن الليكوبين مفيد بشكل عام، لكن الكميات الزائدة منه قد تشكل ضررا للإنسان، لذا يوصي الخبراء بـ22 ملغ في اليوم، ملعقتان من عصير الطماطم تحتوي على 27 ملغ من الليكوبين.
كما أن تناول الكثير من الطماطم يمكن أن يسبب إسهالا للإنسان، كما ارتبط تناول الطماطم وعلى مرّ السنين، بالعديد من حالات السالمونيلا، إذ يُعتقد أن الطماطم كانت وراء 172 حالة مرتبطة بأمراض السالمونيلا في 18 ولاية أميركية عام 2006.